La Baie, classée Zone de Protection Spéciale (ZPS) pour les oiseaux est un site d'importance européenne et d'importance nationale majeure pour les oiseaux locaux, pour les migrateurs et particulièrement pour les ... hivernants puisqu'il s'agissait du troisième site français en nombre d'hivernants accueillis chaque année.
- Le phoque est un animal encore présent dans la baie du Mont Saint-Michel.
- Les grands dauphins.
La baie abrite environ 100 espèces de poissons.
- De nombreux invertébrés sont présents dont le Ocenebra erinacea ou bigorneau perceur aussi dit Cormaillot) peu apprécié des ostréiculteurs et quelque espèces invasives (ex : crépidule involontairement introduite vers 1970 d'Amérique du Nord, qui constitue actuellement près des 2/3 des coquillages présents dans la baie.
- Deux importants sites récifaux sont se distinguent sur l'estran : le Banc des Hermelles, situés à environ 5 km au nord du site de la chapelle Sainte-Anne de Saint-Broladre, et le massif des Hermelles de Champeaux au pied des falaises du même nom. Les hermelles (Sabellaria alveolata) sont des vers marins dits « constructeurs », qui édifient des récifs découvert à marée basse, et auxquels une faune abondante est associée. Le Banc des Hermelles est la « bioconstruction » animale la plus étendue d'Europe, sa superficie atteignant plus de 100 ha
- La baie attire de nombreux oiseaux (pour leur reproduction et nidification ou en étape migratoire ou hivernage). Les oies et les canards y passent l'hiver. La macreuse se nourrit de coquillages en particulier des moules d'élevage. Ce sont surtout des oiseaux marins, tels que Aigrette garzette (Egretta garzetta), Alouette hausse-col (Eremophila alpestris), Alouette lulu (Lullula arborea), Avocette élégante (Recurvirostra avosetta), Balbuzard pêcheur (Pandion haliaetus), Barge à queue noire (Limosa limosa), Barge rousse (Limosa lapponica), Bécasseau maubèche (Calidris canutus), Bécasseau sanderling (Calidris alba), Bécasseau variable (Calidris alpina), Bécassine des marais (Gallinago gallinago), Bécassine sourde (Lymnocryptes minimus), Bernache cravant (Branta bernicla), Bruant des neiges (Plectrophenax nivalis), Bruant lapon (Calcarius lapponicus), Bruant ortolan (Emberiza hortulana), Busard des roseaux (Circus aeruginosus), Canard pilet (Anas acuta), Canard siffleur (Anas penelope), Cigogne blanche (Ciconia ciconia), Combattant varié (Philomachus pugnax), Cormoran huppé (Phalacrocorax aristotelis), Courlis cendré (Numenius arquata), Faucon émerillon (Falco columbarius), Faucon pèlerin (Falco peregrinus), Goéland argenté (Larus argentatus), Goéland brun (Larus fuscus), Goéland marin (Larus marinus), Gorgebleue à miroir (Luscinia svecica), Grand Cormoran (Phalacrocorax carbo), Grand Gravelot (Charadrius hiaticula), Gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus), Hibou des marais (Asio flammeus), Huîtrier pie (Haematopus ostralegus), Macreuse noire (Melanitta nigra), Marouette ponctuée (Porzana porzana), Mouette mélanocéphale (Larus melanocephalus), Mouette pygmée (Larus minutus), Mouette rieuse (Chroicocephalus ridibundus), Phragmite aquatique (Acrocephalus paludicola), Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio), Pingouin torda (Alca torda), Pipit rousseline (Anthus campestris), Pluvier argenté (Pluvialis squatarola), Pluvier doré (Pluvialis apricaria), Puffin des Baléares (Puffinus puffinus mauretanicus), Spatule blanche (Platalea leucorodia), Sterne caugek (Sterna sandvicensis), Sterne naine (Sterna albifrons), Sterne pierregarin (Sterna hirundo), Tadorne de Belon (Tadorna tadorna).
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